本教會成立源於華埠之華人第一長老會，於1977年五月堂會議决於皇后區開設新堂,經過兩年時間的籌備,於1979年四月廿九日於Maspeth之Calvary教會舉行首次主日崇拜,稱之為教會的開基禮。後於同年十月廿五日舉行正式成立典禮,按立謝以信牧師為新堂牧師,同時按立五位執行長老。教會初期中文命名為的第二長老會。

1983年本堂在謝牧師的領導和眾教友的支持籌款,購置了現時堂址,其間有若干改建,一樓為崇拜大堂,二樓為辦公室和課室,土庫為交誼和膳食之用。

謝以信牧師於1988年一月榮休,教會有一段長時期没有全職牧者;然而父神憐恤照顧,按時差遣忠心的僕人使女,牧養群羊。其間有雷鎮昇牧師(1988-1994),陳啟光牧師(1994-1996),何靖國教士(1997-2012),譚俊德牧師(2011-2014),羅榮善牧師(2014至今)和殷迦南牧師(2017至今)，蔡顺菊传道2024加入本会侍奉。除上述牧者外,還有多位在不同時段協助教導的職事,提名的有許仰基牧師,林彼得牧師,雲燐牧師,張樂基牧師和何蔚麗牧師等。教會名稱於1994年改為中華基督教皇后區長老會。

註:教會之詳細發展過程,請參閱二十五周年之記念特刋。